慶應義塾大學面向本科生教育的10個學部是:文學部、經濟學部、法學部(法律學科,政治學科)、商學部、醫(yī)學部、理工學部、綜合政策學部、環(huán)境信息學部、護理醫(yī)療部、藥學部。另外還有日本大學中規(guī)模較大的函授部。
慶應義塾大學研究生院設有文學研究科、經濟學研究科、法學研究科(法律,政治)、社會學研究科、商學研究科、醫(yī)學研究科、理工學研究科、政策傳媒研究科、經營管理研究科、健康管理研究科、藥學研究科、系統(tǒng)設計管理研究科、媒體設計研究科、法務研究科(法科大學院)等14個研究科。
慶應義塾大學研究所有:語言教育研究所、新聞研究所、經濟研究所、斯道文庫(東亞文化研究所)、體育教育研究所、計算機教育研究所等,此外還有語言視聽教育中心、電腦中心、師資培訓中心、福澤諭吉研究中心(現(xiàn)代日本研究中心)、體育醫(yī)學研究中心、電子顯微鏡研究室和地域研究中心等全校共同使用的研究設施。